RISC Software GmbH verbessert Bioinformatikanwendung für europäische
Cloud Computing Infrastruktur VENUS-C

venus-c dotplot Eine Software zur Genomanalyse präsentierte die RISC Software GmbH gemeinsam mit Projektpartnern. Das Programm visualisiert Genomdatensätze und ist als Cloud Computing-Anwendung umgesetzt. Dies ermöglicht eine schnellere Datenanalyse für die Forschung.

Seit Juni 2011 entwickelte die RISC Software GmbH gemeinsam mit dem Bioinformatikinstitut der Johannes Kepler Universität Linz und der Universität von Málaga einen Software-Prototypen für die europäische Cloud Computing Plattform VENUS-C. Am 26. Juni 2012 wurden bei einem VENUS-C Review Rehearsal & Pilot Showcase Meeting in Pisa die finalen Cloud-Prototypen öffentlich präsentiert und Ideen zur Weiterentwicklung der VENUS-C Cloud und der präsentierten Anwendungen ausgetauscht.

Der Schwerpunkt des europaweiten Projekts VENUS-C ist die Zusammenarbeit zwischen Computer-Dienstleistern und Nutzern im wissenschaftlichen Umfeld. Die Aufgabenstellung ist eine Cloud-Computing Recheninfrastruktur für die Wissenschaft und KMUs in Europa zu entwickeln, zu prüfen und einzusetzen. VENUS-C stellt neue Cloud-Lösungen für individuelle und kleine Forschungsgruppen in verschiedene Disziplinen zur Verfügung, mit dem Ziel die Forschung zur beschleunigen. Endbenutzer sind mehrheitlich Forscher aus naturwissenschaftlichen Disziplinen. VENUS-C wurde durch das 7. Europäische Rahmenprogramm gefördert.

Insgesamt wurden unter VENUS-C 15 Software-Prototypen aus den unterschiedlichsten wissenschaftlichen Disziplinen umgesetzt. Unter der Leitung der Universität von Málaga und in Zusammenarbeit mit der JKU Linz war RISC Software GmbH bei dem Projekt "Bio-CIRRUS- Bioinformatics High Level Clouds " beteiligt.
Datensätze von Genomen umfassen mehrere Milliarden an Zeichen. Insbesondere der Vergleich mehrerer Genome miteinander stellt eine bedeutende Herausforderung an Software und Computerhardware dar. Bei der nun entwickelten Software werden die Daten im Hintergrund mittels effizienter Algorithmen und vernetzter Supercomputing und Cloud Computing Technologien verarbeitet, die weltweit zur Verfügung stehen. Somit wird für viele ForscherInnen die effiziente Analyse von großen Datenmengen durch die Nutzung von Cloud Computing Infrastrukturen in kürzester Zeit möglich. Berechnungen, die vorher mehrere Tage gedauert haben, können dann in wenigen Stunden erfolgen.

Die im Rahmen von VENUS-C gemeinsam mit der JKU Linz und der Universität von Málaga entwickelte cloud-basierte Bioinformatikanwendung soll noch erweitert werden. Iris Leitner, Bioinformatikerin und Software Entwicklerin in der RISC Software GmbH, gibt hierzu folgenden Ausblick: „Basierend auf den Ergebnissen des VENUS-C Prototypen wird nun in den kommenden Monaten ein effizientes Visualisierungstool entstehen, welches es Biologen und Biologinnen ermöglicht, vollständige Genomdatensätze in kürzester Zeit zu analysieren." Berechnungen, die vorher mehrere Tage gedauert haben, können dann in wenigen Stunden erfolgen.

Mehr Informationen unter http://www.venus-c.eu



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