EU-Projekt Mr.SymBioMath

Hauptziel des von der EU ab Februar 2013 im Rahmen des Marie Curie Programms „Industry-Academia Partnerships and Pathways“ geförderten Projekts sind Arbeiten aus dem Bereich der vergleichenden Genomik basierend auf Cloud Computing und Hochleistungsrechnen. 

Die RISC Software GmbH ist dabei Teil eines internationalen Konsortiums, dem des Weiteren die Universität Malaga (Spanien), die Johannes Kepler Universität Linz (Österreich), Integromics (Spanien), Hospital Carlos Haya (Spanien), sowie das Leibniz Rechenzentrum (Deutschland) angehören. Im Besonderen soll durch dieses Projekt die Zusammenarbeit zwischen akademischen und industriellen Partnern durch den Austausch von Personal gefördert werden.


Das Projekt verbindet durch seinen interdisziplinären Zugang Life Sciences als Anwendungsbereich unter anderem mit Techniken der Bioinformatik sowie des Cloud Computings. Dies wird durch die geplante Verarbeitung von großen Datenmengen notwendig, die durch moderne Genomsequenzierungstechniken erzeugt werden. Diese stellt auch die Hauptmotivation für die Neuentwicklung von Applikationen aus diesem Bereich dar, da existierende Software-Werkzeuge nicht auf die Verarbeitung von vollständigen Genomen ausgelegt sind.

Thematische Kernpunkte der geplanten Arbeit sind Vergleiche sowie Visualisierungen von umfangreichen Genomsequenzen bis hin zu vollständigen Genomen sowie von phylogenetischen Bäumen. Ein weiteres Ziel ist die benutzerfreundliche Aufbereitung der Ergebnisdaten durch Visualisierungtechniken für verschiedenste Endgeräte, wie Tablet-PCs oder Virtual Reality Umgebungen.

Die eingesetzten Visualisierungstechniken umfassen beispielsweise Dotplots, bei denen Genomsequenzen durch paarweises Auftragen auf Diagrammachsen
sowie Markieren von äquivalenten Teilsequenzen erstellt werden.
Um diese Projektziele zu erreichen, wird eine Software-Lösung bestehend aus Cloud-Computing- und Hoch-leistungsrechenkomponenten, bioinformatischen Al-gorithmen, sowie Modulen für Datenzugriff und die Visualisierung auf verschiedensten Ausgabegeräten entwickelt. Diese Module können in weiterer Folge zu komplexen Workflows zusammengesetzt werden.

Für die erfolgreiche Realisierung dieser Vorhaben bringt die RISC Software GmbH in enger Zusammenarbeit mit dem Forschungsinstitut RISC im speziellen ihre Kompetenz in den Bereichen symbolisches Rechnen sowie Cloud Computing ein und wird in enger Kollaboration mit dem Leibniz Rechenzentrum zur Entwicklung der Cloud-Computing- sowie Visualisierungskomponenten beitragen. Des Weiteren ist die RISC Software GmbH für die Öffentlichkeitsarbeit im Rahmen des Mr.SymBioMath Projekts hauptverantwortlich.

Als Vorarbeit für dieses Projekt wurde von der RISC Software GmbH ein auf dem Datenverarbeitungsframework Hadoop (http://hadoop.apache.org) basierendes Verfahren zum Vergleich von Genomsequenzen implementiert, um die technischen Möglichkeiten im Bezug auf Datenvorverarbeitung, Vergleichsverfahren sowie Visualisierungsmöglichkeiten auszuloten.

Foto: iStockphoto
 



Footer Mobile de

COPYRIGHT © 2016 by
RISC Software GmbH
Softwarepark 35
4232 Hagenberg
Austria
Impressum
Anfahrtsplan